Le logos, selon Héraclite, est ce principe universel qui gouverne toutes choses. Dans le fragment B1, il déclare : « Quant à ce logos qui est toujours, les hommes ne le comprennent ni avant de l'avoir entendu, ni après l'avoir entendu une fois. Car, bien que tout se passe selon ce logos, ils ressemblent à des gens inexpérimentés, lorsqu'ils font l'expérience de paroles et d'actions telles que je les expose, distinguant chaque chose selon sa nature et disant comment elle est. Mais les autres hommes ne savent pas ce qu'ils font éveillés, de même qu'ils oublient ce qu'ils font endormis. » Puis il ajoute dans le fragment B2 : « C'est pourquoi il faut suivre ce qui est commun. Mais, bien que le logos soit commun, la plupart des hommes vivent comme s'ils avaient une pensée privée. » Le fragment B50 résume l'essence de sa pensée : « Ce n'est pas en m'écoutant, moi, mais en écoutant le logos, qu'il est sage de convenir que tout est un. » Enfin, le fragment B114 établit un lien entre le logos et la loi divine : « Ceux qui parlent avec intelligence doivent s'appuyer sur ce qui est commun à tous, comme une cité sur sa loi, et même plus fortement. Car toutes les lois humaines sont nourries par une seule loi divine, car elle domine autant qu'elle veut, et suffit à tout, et triomphe. »

La doctrine du flux universel est exprimée dans plusieurs fragments. Le fragment B12 affirme : « Ceux qui entrent dans les mêmes fleuves, des eaux toujours différentes coulent sur eux. » Le fragment B49a précise : « Dans les mêmes fleuves, nous entrons et nous n'entrons pas, nous sommes et nous ne sommes pas. » Et le fragment B91 ajoute : « Il n'est pas possible d'entrer deux fois dans le même fleuve, car elle se disperse et se rassemble, elle approche et s'éloigne. »

La lutte des contraires est au cœur de l'harmonie cosmique. Le fragment B8 énonce : « Ce qui s'oppose est utile, et le plus bel accord naît des contraires, et tout se fait par discorde. » Le fragment B53 proclame : « La guerre est le père de toutes choses, le roi de toutes choses ; les uns elle les fait dieux, les autres hommes ; les uns libres, les autres esclaves. » Le fragment B80 insiste : « Il faut savoir que la guerre est commune, que la justice est discorde, et que tout naît par discorde et nécessité. »

Le feu, principe fondamental, apparaît dans le fragment B30 : « Ce monde, le même pour tous, aucun dieu ni aucun homme ne l'a créé, mais il était toujours, est et sera un feu toujours vivant, s'allumant avec mesure et s'éteignant avec mesure. » Le fragment B64 déclare : « La foudre gouverne tout. » Et le fragment B66 annonce : « Le feu, quand il survient, jugera et condamnera toutes choses. »

L'âme est aussi un thème récurrent. Le fragment B36 explique : « Pour les âmes, la mort c'est de devenir eau, pour l'eau, la mort c'est de devenir terre, mais de la terre naît l'eau, et de l'eau l'âme. » Le fragment B45 révèle : « Tu ne trouveras pas les limites de l'âme, même en parcourant toutes les routes, tant elle a un logos profond. » Le fragment B115 ajoute : « À l'âme appartient un logos qui s'accroît lui-même. »

La sagesse et le divin sont évoqués dans le fragment B32 : « L'Un, le seul sage, ne veut et ne veut pas être appelé du nom de Zeus. » Le fragment B41 précise : « Le sage est une seule chose : connaître la pensée qui gouverne tout par tout. » Et le fragment B102 affirme : « Pour Dieu, toutes choses sont belles, bonnes et justes, mais les hommes tiennent certaines pour injustes, d'autres pour justes. »

Enfin, le sommeil et la mort sont traités dans le fragment B26 : « L'homme, dans la nuit, allume une lumière pour lui-même, quand ses yeux sont éteints ; vivant, il touche le mort dans son sommeil, et éveillé, il touche le dormant. » Le fragment B21 conclut : « La mort est ce que nous voyons éveillés, et ce que nous voyons endormis est le sommeil.