Cicéron, retenu par une maladie, n'avait pu se trouver à la bataille de Pharsale. Lorsque Pompée eut pris la fuite, Caton, qui avait à Dyrrachium une armée nombreuse et une flotte considérable, voulait que Cicéron en prît le commandement, qui lui appartenait par la loi, parce qu'il avait le rang d'homme consulaire. Cicéron l'ayant absolument refusé, en déclarant qu'il ne prendrait plus de part à cette guerre, il manqua d'être massacré par le jeune Pompée et par ses amis, qui, l'accusant de trahison, allaient le percer de leurs épées, si Caton ne les eût arrêtés ; encore eut-il bien de la peine à l'arracher de leurs mains et à le faire sortir du camp. Cicéron se rendit à Brunduse, où il resta quelque temps pour attendre César, que ses affaires d'Asie et d'Égypte retenaient encore. Dès qu'il sut qu'il était arrivé à Tarente, et qu'il venait par terre à Brunduse, il alla au-devant de lui, ne désespérant pas d'en obtenir son pardon, honteux néanmoins d'avoir à faire devant tant de monde l'épreuve des dispositions d'un ennemi vainqueur ; mais il n'eut rien à faire ou à dire de contraire à sa dignité. César ne l'eut pas plutôt vu venir à lui, précédant d'assez loin ceux qui l'accompagnaient, qu'il descendit de cheval, courut l'embrasser, et marcha plusieurs stades en s'entretenant tête à tête avec lui. Il ne cessa depuis de lui donner les plus grands témoignages d'estime et d'amitié ; et Cicéron ayant composé dans la suite un éloge de Caton, César, dans la réponse qu'il fit, loua beaucoup l'éloquence et la vie de Cicéron, qu'il compara à celles de Périclès et de Théramène.

Quintus Ligarius ayant été mis en justice comme ennemi de César, et Cicéron s'étant chargé de sa défense, César dit à ses amis : « Qui empêche que nous ne laissions parler Cicéron ? II y a longtemps que nous ne l'avons entendu. Pour son client, c'est un méchant homme, c'est mon ennemi ; il est déjà condamné.» Mais Cicéron, dès l'entrée de son discours, émut singulièrement son juge ; et, à mesure qu'il avançait dans sa cause, il excitait en lui tant de passions différentes, il donnait à son expression tant de douceur et de charme, qu'on vit César changer souvent de couleur et rendre sensibles les diverses affections dont son âme était agitée. Quand enfin l'orateur vint à parler de la bataille de Pharsale, César, n'étant plus maître de lui-même, tressaillit de tout son corps et laissa tomber les papiers qu'il tenait à la main. Cicéron, vainqueur de la haine de son juge, le força d'absoudre Ligarius.

Depuis cette époque, Cicéron, voyant la monarchie succéder à l'ancien gouvernement. abandonna les affaires et donna tout son loisir aux jeunes gens qui voulurent s'appliquer à la philosophie : ils étaient tous des premières familles de Rome, et les liaisons fréquentes qu'il eut avec eux lui donnèrent de nouveau un très grand crédit dans la ville. Son occupation ordinaire était d'écrire des dialogues philosophiques, de traduire les philosophes grecs, et de faire passer dans la langue latine les termes de dialectique ou de physique employés par ces écrivains : c'est lui, dit-on, qui le premier a naturalisé dans sa langue les mots grecs que les Latins rendent par imagination, assentiment, suspension de jugement, compréhension, atome, indivisible, vide et plusieurs autres semblables, ou du moins c'est lui qui les a rendus plus intelligibles aux Romains, en les expliquant par des métaphores ou par des termes déjà connus dans la langue latine. Il faisait servir ainsi à son amusement la facilité qu'il avait pour la poésie : lorsqu'il s'abandonnait à ce genre de composition, il faisait jusqu'à cinq cents vers dans une nuit. II passait la plus grande partie de son temps dans sa maison de Tusculum, d'où il écrivait à ses amis qu'il menait la vie de Laërte, soit qu'il voulût plaisanter, comme à soit ordinaire, soit que son ambition lui fît désirer encore de prendre part au gouvernement et qu'il fût mécontent de sa situation présente. Il allait rarement à Rome, et seulement pour faire sa cour à César : il était le premier à applaudir aux honneurs qu'on lui décernait, et avait toujours quelque chose de nouveau et de flatteur à dire sur sa personne ou sur ses actions. Tel est le mot sur les statues de Pompée qu'on avait abattues ; et que César fit relever. « César, dit Cicéron, en relevant les statues de Pompée, a, par cet acte de générosité, affermi les siennes. »